Группа была основана Билли Хаурделом - гитарным техником, работавшим с Nine Inch Nails, The Smashing Pumpkins, Fishbone, Guns N’ Roses и Tool. Мэйнард Джеймс Кинэн (Maynard James Keenan), вокалист Tool, услышав демо-записи Билли, сказал что, если тот создаст группу, то он готов стать их вокалистом. Хаурдел после некоторых сомнений согласился, несмотря на то, что сначала хотел чтобы в группе был женский вокал. Также к ним присоединились басистка и скрипачка Пэз Леншантин (Paz Lenchantin), гитарист Трой ван Льюен (Troy Van Leeuwen), прежде игравший в Failure. и барабанщик Тим Александр (Tim Alexander) из Primus.
После серии репетиций и выступлений на разогреве у других команд, APC начинают записывать студийный альбом «Mer de Noms» (фр. Море имен). Тим Александр вскоре был заменен Джошем Фрисом из The Vandals, однако в песне «The Hollow» все еще можно услышать игру Тима. После завершения альбома, группа принимает участие в нескольких турах в США и Канаде.
К записи второго альбома A Perfect Circle готовились уже без двух своих музыкантов: Пэз Леншантин и Троя ван Льюена. Пэз присоединилась к группе Zwan, а Трой - к Queens of the Stone Age. Однако Леншантин к тому времени записала почти все партии для бас-гитары для нового альбома. На место покинувших группу музыкантов были приняты Джорди Уайт (Jeordie White) (также известный как Твигги Рамирез), бывший басист Мэрилин Мэнсона, и гитарист Дэнни Лонер (Danny Lohner). Однако, Лонер не подошел группе как второй гитарист, и на новом альбоме его можно услышать только в песне «The Noose». Место Дэнни Лонера занял Джеймс Иха (James Iha) из The Smashing Pumpkins.
Записав второй альбом «Thirteenth step» 16-го сентября 2003 г, группа провела остаток года в турах по Северной Америке, Европе и Японии. В 2004 APC продолжили туры по Австралии, Японии, Новой Зеландии и Европе, завершив тур весной выступлениями в США.
Третий альбом «eMOTIVe» был записан 2-го ноября 2004г и содержит каверы на антивоенные песни таких музыкантов, как Джон Леннон и Джони Митчелл.
16 ноября 2004г, выпустила DVD-и-CD-сэт названный «aMOTION». На нем представлены ранее не издававшиеся видеоклипы а также b-sides и ремиксы. Режиссёром клипа к песне Judith (2000) был Дэвид Финчер.
Сейчас будущее A Perfect Circle остается неясным. В интервью франзускому журналу «Rock Hard» Кинэн сказал, что считает APC завершенным проектом и в обозримом будущем изменений не предвидится. Билли Хаурдел подтвердил его слова и сказал, что не планирует записи нового альбома или концертных туров.
Сейчас два лидера группы заняты сольными проектами: новая группа Билли Хаурдела ASHES dIVIDE выпустила один из самых примечательных альбомов 2008 года, а проект Мэйнарда Дж. Кинэн Puscifer получил много неоднозначных оценок.
