Привествую!
Необходимо очистить жесткий диск настолько, чтобы осталась только винда непосредственно. Отсюда вопрос-какие файлы необходимо оставить для корректной работы системы.
И второй вопрос-можно ли перераспределить место на винте? 
К примеру на С было 50 Гб, а сделать чтобы было 100 без полного форматирования

нет. накати заного винду и все  

незнаю чего ты хочешь этим добится, но с виндой, без очистки реестра смысла в чистке файлов нет

Format c: /Q -> Install Ubuntu -> Proffit!!!!

Partition manager - с помощью неё можно перераспредилить место

Наркоман что ли? Форматнул винт, установил винду.

http://habrahabr.ru/post/72427/ лично мне эта статья очень помогла, когда на моём SSD(ныне покойном), осталось мало места