Царизм же не преминул извлечь уроки из своих ошибок и неудач и в корне поменял тактику, временно отказавшись от политики жёсткого колониального гнёта. В таких условиях мюридистские лозунги о необходимости ведения «священной войны» с Россией до последнего подростка, способного держать в руках оружие, не считаясь при этом ни с какими жертвами, ни с какими потерями, — стали восприниматься горцами как сумасбродные и гибельные. Авторитет Шамиля и его наибов стал таять. Шамилю нередко приходилось воевать не только с русскими, но и со своими «фрондёрами». Так, часть аварцев (прежде всего, хунзахцы и чохцы) сражалась на стороне России в подразделениях горской милиции и дагестанском конном полку. После капитуляции Шамиля все аварские земли были включены в состав Дагестанской области. В 1864 г. Аварское ханство было ликвидировано, на его территории был образован Аварский округ. Справедливости ради, следует отметить, что несмотря на жестокие, бесчеловечные методы царского командования, применявшиеся в ходе подавления национально-освободительного движения горцев Дагестана и Чечни, царская Россия, тем не менее, насколько это было возможным, в целом не трогала национально-религиозных традиций этих народов. По отношению же к аварцам в Дагестане имеются многочисленные факты, свидетельствующие о наделении их такими льготами и привилегиями, которыми было обделено даже подавляющее большинство самих русских. В частности, это касается быстрого предоставления высоких воинских наград, дворянских званий, офицерских чинов. Пленённому Шамилю со стороны царя были оказаны максимальные почести. Царская администрация и русские военачальники очень высоко отзывались о Шамиле как о мужественной и порядочной личности, подчёркивали его незаурядный талант полководца и политика. Аварцы при императоре Александре II входили в состав лейб-гвардейских подразделений царского конвоя, в том числе несли караульную службу в дворцовых покоях монаршей семьи.

К началу Кавказской войны в Дагестане жило около 200 тысяч аварцев, а на территории Чечни более 150 тысяч чеченцев. Войны с Российской империей привели к тому, что аварцев и чеченцев к концу Кавказской войны осталось менее половины. В 1897 г. — через 18 лет после окончания войны — численность аварцев достигла лишь 158,6 тысяч человек. В 1926 году аварцев в Дагестане насчитывалось 184,7 тыс. человек. Одним из последствий Кавказской войны стала также эмиграция дагестанцев в Османскую империю. Царская администрация поначалу даже поощряла это явление, но после того как эмиграция стала из года в год приобретать характер массового исхода аварского народа в Турцию, ей стали препятствовать. Царизм, с одной стороны, не мог заселить аварские горы казаками, а с другой — оказался свидетелем использования Османской империей северокавказского этнического элемента в качестве ударных войсковых соединений против своих внутренних и внешних врагов.